1958年，建校时因无校舍，师生先后借住于省立中医院、山东医学院新利体育、省财经学院、省妇联干校等单位，1963年3月迁入经十路东首原山东省济南卫生学校内，1971至1975年又与山东医学院合并，所以建校后18年的时间内没有进行基本建设。

　　为筹划基建和基建维修工作，新利体育1977年山东中医药大学成立基建办公室，至1984年建筑面积由32008㎡增至41000㎡。

　　为进一步加快山东中医药大学校舍建设步，1987年基建办公室更名为基建处，陆续建成一大批教学、科研和生活用房，到2003年老校区建筑面积达到了122188㎡，新利体育师生员工的教学、科研和生活条件不断得到了改善。

　　随着办学规模的迅速扩展，校舍不足仍然是影响学校教学、科研的瓶颈。为彻底改善瓶颈制约，2002年9月学校决定进行新校区选址工作，并于当年12月成立新校园筹建办公室。新利体育

　　为加强长清新校区建设的组织领导，校党委于2003年10月23日决定成立“长清校区建设领导小组”，设立“长清校区建设指挥部”,负责领导、指挥新校区的建设。基建处全部人员充实到新校区指挥部的3个办公室，拉开了新校区建设的序幕。

　　经过将近5年的努力，长清新校区已初具规模，一大批行政用房新利体育、教学科研用房、生活基本设施、体育文化设施以及水电、道路设施等陆续完工投入使用，于2005年9月第一批4200名学生入住;2007年初，学校实现主体搬迁,行政管理机构、教学机构以及104个班的5144名学生顺利迁住新校址基建。

　　新校区一、二期工程共建单体49个，包括教学楼2幢（1#、2#）、行政楼、图书馆、实验楼、学生公寓12幢（1#、2#、3#、4#、6#新利体育、7#、8#、9#、10#、11#、13#、14#，可容纳学生13988人）、教师公寓20幢（1#、2#、3#新利体育、4#、5#、6#、7#、8#、9#、10#、11#、12#、21#、22#、24#、25#、27#、28#新利体育、29#、30#，共有住房744套）、学生食堂2幢（1#、2#）、后勤服务楼、后勤公寓楼（5#学生宿舍）、训练馆、大学生活动中心（康复实训中心）、实验动物中心、省中医药博物馆、国际交流中心（远方阁）、校医院、体育场（2座），建筑面积共计456480㎡。

　　2008年学校撤销了基建处，成立后勤基建管理处，把原有的后勤工作和基建扫尾工作统一管理，用大后勤服务学校中心工作。后勤基建管理处的同志们统一思想认识，做到思想上互相接纳，工作上互相支持，待遇上一视同仁，组织上民主集中，工作开展得比较顺利。

　　2011年4月，学校机构调整，设立基建处。部门职责为负责学校基本建设、编制校园建设总体规划。

　　2011年5月，长清校区建设学生宿舍2幢（15#、16#），建筑面积13211㎡；2017年1月，长清校区建设公共教学楼1幢（3#教学楼），建筑面积19345㎡；2021年1月，长清校区建设生物安全动物实验楼1幢，建筑面积26997㎡；2022年6月，长清校区建设鲁澳中医药产业研究院项目（综合实验楼、研究生公寓建设项目）2幢，，项目建设总面积54563㎡。

　　基建处在学校领导的带领下，按照“团结、严谨、科学、规范”的要求，通过“抓质量、抓安全、抓进度”，为推进一流学科和高水平中医药大学建设做贡献。